Fakultas Pertanian Universitas Sintuwu Maroso (Unsimar) dimulai bersamaan dengan berdirinya Universitas Sintuwu Maroso pada tanggal 15 September 1986. Pada saat dibuka, fakultas pertanian terdiri dari 2 jurusan, yaitu jurusan budidaya pertanian dan jurusan peternakan. Tahun 1994 diperoleh tambahan jurusan berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 183/Dikti/Kep/1994, yaitu jurusan teknologi hasil pertanian. Karena kurang peminat, maka pada tahun akademik 2002/2003 jurusan teknologi hasil pertanian di-passing out. Dalam perkembangan selanjutnya, jurusan budidaya pertanian dengan program studi agronomi berubah menjadi program studi agroteknologi sejak tahun 2008. Perubahan tersebut berasal dari gagasan Forum Komunikasi Perguruan Tinggi Pertanian se-Indonesia (FKPT-PI) merestrukturisasi program studi pada fakultas pertanian.

Fakultas pertanian Unsimar menjadi anggota aktif FKPT-PI. Keikutsertaan dalam forum tersebut dimulai sejak tahun 2003 pada pertemuan di Makassar, dihadiri oleh Dekan Ir. Iriany Thalib. Sejak tahun itu Dekan dan Ketua Program Studi Agronomi (sekarang Agroteknologi) aktif mengikuti pertemuan tahunan yang dilakukan pada bulan April atau Mei. Banyak keuntungan yang diperoleh melalui kegiatan tersebut karena salah satu narasumber dalam kegiatan forum adalah perwakilan dari bidang akademik DIKTI. Informasi kebijakan atau rencana DIKTI ke depan biasanya dikemukakan dalam forum. Selain itu, saling tukar pengalaman dengan dekan dan ketua program studi dari perguruan tinggi lain dapat memperluas wawasan.

Jabatan dekan pada Fakultas Pertanian berturut-turut dijabat oleh Ir. T. Malaka, Ir. Burhanuddin Samad (Dosen Fakultas Pertanian Universitas Tadulako di perbantukan pada Fakultas Pertanian Unsimar), Ir. Iriany Thalib, Ir. Titin Budi Wahyuti, MP dan Ir. Ita Mowidu, MP. Dengan akan berakhirnya masa jabatan dekan periode 2007-2011, maka pada tanggal 9 September 2011 telah dilaksanakan pemilihan dekan periode 2011-2015. Dalam pemilihan tersebut terpilih, secara aklamasi, James Marota Taralalu, SPt.,MP sebagai calon dekan yang akan diusulkan kepada Rektor.

Tahun 1987 sampai 1998, Prof. Dr. Ir. Go Ban Hong (Guru Besar Emiritus dari Institut Pertanian Bogor) menjadi guru besar Fakultas Pertanian Unsimar. Keberadaan beliau pada Fakultas Pertanian Unsimar membawa dampak besar. Atas dorongan dari beliau, sejak tahun 1997, dosen pada fakultas pertanian, secara bergilir, mulai mengikuti pendidikan pascasarjana S2 dan semua dosen tetap diwajibkan mengurus jabatan fungsional. Sekarang, dengan kesadaran sendiri, dosen pada fakultas pertanian berusaha menempuh pendidikan sampai S3 dan terus meningkatkan peringkat jabatan fungsionalnya.